Algemene Nintendo-accounts en Nintendo-accounts voor kinderen verschillen op de volgende manieren:

• Er kan geen e-mailadres worden geregistreerd op een account van een kind. E-mails worden verstuurd naar het e-mailadres van het Nintendo-account van de ouders/voogd.
• Nintendo-accounts voor kinderen kunnen worden aangemaakt voor gebruikers van 0 tot 17 jaar. Algemene Nintendo-accounts kunnen allen worden aangemaakt door gebruikers van 16 jaar of ouder die een e-mailadres hebben.
• Sommige My Nintendo-missies kunnen alleen worden voltooid door gebruikers met een algemeen Nintendo-account.
• Nintendo-accounts voor kinderen kunnen enkel worden gekoppeld aan een Nintendo Netwerk-ID. Deze kunnen niet worden gekoppeld aan social network-accounts (Google of Apple ID).
• Alle Nintendo-accounts voor kinderen van 15 jaar of jonger worden automatisch ingesteld als een account onder toezicht in de Nintendo-account familiegroep.

Buiten dit hebben de accounts bijna dezelfde functies.